Bóng đá du nhập vào Nam Phi trong thời kỳ thuộc địa vào cuối thế kỷ 19 bởi các binh sĩ người Anh.[3] Ngay từ đầu, nạn phân biệt chủng tộc đã tồn tại trong các tổ chức bóng đá Nam Phi. Liên đoàn bóng đá dành cho người da trắng (Football Association of South Africa - FASA), được thành lập vào năm 1892. Còn các Liên đoàn dành cho người gốc Ấn (South Africa Indian Football Association - SAIFA), dành cho người Bantu (South African Bantu Football Association - SABFA) và người da màu (South African Coloured Football Association - SACFA) được lần lượt thành lập vào các năm 1903, 1933 và 1936.

Nam Phi là một trong bốn thành viên của châu Phi tham dự kỳ đại hội của FIFA năm 1953, và giành được một ghế trong Ủy ban điều hành.[4] Cũng chính 4 quốc gia này (Nam Phi, Ethiopia, Ai Cập và Sudan) là 4 sáng lập viên của Liên đoàn bóng đá châu Phi vào năm 1956,[4]. Nhưng ngay từ đầu Nam Phi đã rõ ràng quan điểm họ không thể gửi 1 đội tuyển thống nhất mà chỉ có thể gửi một đội tuyển toàn người da trắng hoặc toàn người da màu tham dự Cúp bóng đá châu Phi năm 1957. Với các thành viên khác của Liên đoàn thì đây là điều không thể chấp nhận được và Nam Phi bị loại khỏi giải, tuy nhiên theo một số nguồn tin khác thì đội đã tự động rút lui.

Thời kỳ Apartheid

Tại hội nghị của CAF lần thứ hai được tổ chức vào năm 1958, Nam Phi chính thức bị loại khỏi Liên đoàn. Cùng năm, Liên đoàn bóng đá Nam Phi dành cho người da trắng (FASA) gia nhập FIFA, nhưng đến tháng 8 năm 1960 họ nhận được một tối hậu thư trong vòng 1 năm phải cải tổ để phù hợp với tiêu chí không kỳ thị chủng tộc của FIFA. Vào ngày 26 tháng 9 năm 1961, tại hội nghị thường niên của Liên đoàn bóng đá thế giới, Nam Phi bị tước tư cách thành viên. Nhưng Sir Stanley Rous, chủ tịch Hiệp hội Bóng đá Anh, người vừa được bầu làm chủ tịch FIFA vài ngày trước đó, đã ra sức ủng hộ quốc gia này. Ngài Rous luôn vững lập trường rằng thể thao nói chung, và FIFA nói riêng, không nên xen vào những vấn đề chính trị. Lệnh cấm được gỡ bỏ vào tháng 1 năm 1963 sau chuyến thăm Nam Phi của ngài Rous nhằm tham quan đánh giá sự phát triển môn bóng đá tại quốc gia này.

Rous tuyên bố nếu cấm Nam Phi, bóng đá có nguy cơ ngừng phát triển và không được phủ rộng. Hội nghị thường niên của FIFA lần tiếp theo được tổ chức vào tháng 10 năm 1964 tại Tokyo, lần này có đông đảo hơn các thành viên của châu Á và châu Phi tham dự, lệnh cấm Nam Phi lại được đưa ra thảo luận và được thông qua. Đến năm 1976, sau cuộc nổi dậy ở Soweto, Nam Phi chính thức mất tư cách thành viên của FIFA.

Tái hội nhập

Năm 1991, khi chế độ Apartheid dần bị xóa bỏ, Hiệp hội bóng đá Nam Phi đa chủng tộc được thành lập và gia nhập FIFA. Ngày 7 tháng 7 năm 1992, tuyển Nam Phi thi đấu lại trận đầu tiên sau hơn hai thập niên bi cấm, và đánh bại Cameroon với tỉ số 1–0. Nam Phi nhanh chóng chứng tỏ vị thế một đội bóng mạnh của châu lục, đội giành quyền tham dự 2 kỳ World Cup 1998 và 2002, cùng 1 chức vô địch châu lục năm 1996. Nam Phi cũng giành quyền đăng cai World Cup 2010, và trở thành quốc gia châu Phi đầu tiên có được vinh dự này.